Екатерина Бубнова работает с новыми мультимедийными направлениями в современном изобразительном искусстве: фотографией, цифровыми коллажами, видео, а также монументальным искусством. Екатерина Васильевна является соавтором художественного оформления станций: «ЦСКА», «Петровский парк», «Битцевский парк» Московского метрополитена.
Художница использует фотографии, но нарочито их трансформирует - объединяет множество снятых ей цифровых фотографий в единое изображение, а также включает в основное «полотно» кадры из семейного архива. В своих работах Екатерина уделяет много внимания теме исторической памяти. Прежде всего для нее важна связь человека и истории, человека и мира, прошлое искусства и его соотношение с современностью.
Обычно для выставок она печатает свои коллажи на ткани. Принты могут быть как очень маленькими, так и гигантскими по своему размеру.
Её работы выставлялись в самых разных пространствах: в пространстве Третьяковской галереи в Москве или готического собора в Братиславе, а также выставочной площадкой мог стать пустой ангар или, наоборот, современная архитектура винодельни.
Созданный в 2020 году проект «Амбивалентность короны» выставлялся на ХХ-м Международном фестивале фотографии в Пинъяо, Китай.